《方案》指出，本次摸排对象为全国范围内2013年以来各类占用耕地建设的没有合法合规用地手续的房屋，之前个别或部分已经建设但与2013年以来违法违规建房行为有整体关联性的房屋，要一并摸排。
其中，占用的耕地是指第二次全国土地调查（以下简称“二调”）为耕地且未依法依规变更用途或现状为应按耕地管理的土地，以及“二调”后各年度通过土地整理复垦开发等途径新增加的耕地或按耕地管理的土地。
没有合法合规用地手续建设的房屋，无论全部或部分违法占用耕地（包括国有的和集体的），都要纳入摸排范围。
对实际已经建设但因各种原因导致“二调”时调查为耕地的土地上建设的房屋，也要纳入摸排范围，但可以举证说明。
乱占耕地建房是指没有合法合规用地手续或用地手续不全，占用上述各类耕地建设房屋。
《方案》明确，此次摸排类型分为住宅类、公共管理和公共服务类，以及工矿、仓储、商服、旅游等产业类。对农村宅基地类住宅，以宗为单元开展摸排, 并认定房屋是否符合当地“一户一宅”政策或“分户条件”；对单元楼式的多户住宅，以项目为单元开展摸排，摸清房屋类型、建设和使用情况、土地违法和处罚情况等；其他两类以项目为单元，摸清该类房屋用途、建设主体、建设依据、土地违法和处罚情况等，最终形成农村乱占耕地建房问题工作台账。国家层面统筹已有的基础数据，以省（区、市）为单位统一下发。各省（区、市）利用国家统一下发的基础资料、以及土地承包经营权调查相关工作成果等等，制作本地区摸排工作基础资料。国家层面依托自然资源综合信息监管平台，补充完善相关功能，形成农村乱占耕地建房数据汇交平台，建立全国摸排工作台账。各地可利用该汇交平台填报摸排信息，记录房屋位置信息，上传现场照片，上报摸排结果，形成统计汇总结果。各地要建立严格的质量控制机制，充分采用公开、公示等方式，确保摸排结果真实、准确。每宗宅基地房屋或每个项目均要明确记录填报人、审核人、复核人等（均可多人），确保填报信息可追溯。《方案》要求，省级党委和政府要切实担起责任，逐级压实属地责任。要形成由村到乡（镇）、街道再到县级、市级的逐级党委和政府主要领导“双签字”负责机制。摸排工作主动接受纪委监委的全程监督，决不允许上有政策下有对策、有令不行、有禁不止，同时发挥舆论监督作用。根据《方案》，10月底前，各地将初步摸排结果通过信息平台汇交。11月底前，各省（区、市）组织地方完成核实纠正工作, 上报最终摸排结果。
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